Les paysans franc-comtois, isolés durant les rudes hivers, n'avaient pas assez de lait pour fabriquer du Comté. C'est ainsi qu'ils décidèrent de fabriquer leur propre fromage et que le morbier naquit : ils gardaient leur lait d'une première traite dans un chaudron, le recouvraient de la suie du chaudron pour le protéger avant d'y ajouter le lait de la traite suivante.
Aujourd’hui la raie cendrée n'est plus constituée de suie mais de charbon végétal. Le Morbier a un savoir faire reconnu depuis 2002 en AOP. Les conditions de sa fabrication sont donc soumises à un cahier des charges qui restreint notamment l'aire de production au Doubs et au Jura, et les races de vaches productrices de lait à Morbier à la Monbtéliarde et la Simmental. L'alimentation est constituée essentiellement d'herbe de pâturage, de foin et de regain.